一：FAT16格式
采用16位的文件分配表，能支持的最大分区为2GB，是目前应用最为广泛和获得操作系统支持最多的一种磁盘分区格式，几乎所有的操作系统都支持这一种格式，从dos、Win 3.x、Win 95、Win 97、Win 98、Windows NT、Win 2000到目前流行的XP、2003，甚至火爆一时的linux都支持这种分区格式。
但是FAT16分区格式有一个最大的缺点，那就是硬盘的实际利用效率低。因为在dos和Windows系统中，磁盘文件的分配是以簇为单位的，一个簇只分配给一个文件使用，不管这个文件占用整个簇容量的多少。而且每簇的大小由硬盘分区的大小来决定，分区越大，簇就越大。例如1GB的硬盘若只分一个区，那么簇的大小是32KB，也就是说，即使一个文件只有1字节长，存储时也要占32KB的硬盘空间，剩余的空间便全部闲置在那里，这样就导致了磁盘空间的极大浪费。FAT16支持的分区越大，磁盘上每个簇的容量也越大，造成的浪费也越大。所以随着当前主流硬盘的容量越来越大，这种缺点变得越来越突出。为了克服FAT16的这个弱点，微软公司在Win97操作系统中推出了一种全新的磁盘分区格式FAT32。
二：FAT32
对于Win98广泛流行的今天，广大电脑爱好者对这种分区格式也并不陌生。这种格式采用32位的文件分配表，使其对磁盘的管理能力大大增强，突破了FAT16对每一个分区的容量只有2GB的限制，运用FAT32的分区格式后，用户可以将一个大硬盘定义成一个分区，而不必分为几个分区使用，大大方便了对硬盘的管理工作。而且，FAT32还具有一个最大的优点是：在一个不超过8GB的分区中，FAT32分区格式的每个簇容量都固定为4KB，与FAT16相比，可以大大地减少硬盘空间的浪费，提高了硬盘利用效率。
目前，支持这一磁盘分区格式的操作系统有Win 97、Win 98和Win2000、XP以及更高版本的操作系统。但是，这种分区格式也有它的缺点，首先是采用FAT32格式分区的磁盘，由于文件分配表的扩大，运行速度比采用FAT16格式分区的硬盘要慢；另外，由于dos系统和某些早期的应用软件不支持这种分区格式，所以采用这种分区格式后，就无法再使用老的dos操作系统和某些旧的应用软件了。
三：NTFS
NTFS分区格式是一般电脑用户感到陌生的，它是网络操作系统windows nt的硬盘分区格式，使用Windows NT的用户必须同这种分区格式打交道。其显著的优点是安全性和稳定性极其出色，在使用中不易产生文件碎片，对硬盘的空间利用及软件的运行速度都有好处。它能对用户的操作进行记录，通过对用户权限进行非常严格的限制，使每个用户只能按照系统赋予的权限进行操作，充分保护了网络系统与数据的安全。但是，目前支持这种分区格式的操作系统不多，除了Windows nt外，Win2000、XP、2003等早已支持这种硬盘分区格式。
不过与Windows NT不同的是，Win2000使用的是NTFS 5.0分区格式。NTFS 5.0 的新特性有“磁盘限额”管理员可以限制磁盘使用者能使用的硬盘空间；“加密”在从磁盘读取和写入文件时，可以自动加密和解密文件数据等。随着WinXP的普及，广大电脑用户会逐渐熟悉这种分区格式的。
知识扩展：
linux
linux操作系统是去年it媒体炒得最为火爆的操作系统。由于该系统为自由软件，几乎不用花钱就能装入电脑，所以赢得了许多用户。它的磁盘分区格式与其他操作系统完全不同，共有两种格式：一种是linux native主分区，一种是linux swap交换分区。这两种分区格式的安全性与稳定性极佳，结合linux操作系统后，死机的机会大大减少，能让我们摆脱windows常常崩溃的噩梦。但是，目前支持这一分区格式的操作系统只有linux，对linux系统不感兴趣的用户也只能望洋兴叹了。